Kelurahan Mangkujayan terdiri dari 2 dukuh yaitu dukuh Mangkujayan yang terletak di utara sungai Gandong dan dukuh Kunden yang terletak di sebelah selatan sungai Gandong.

Kelurahan Mangkujayan dahulu bernama desa Pilang. Nama desa Pilang itu sendiri di ambil dari dua kata yaitu Sapine Ilang, karena di desa ini dahulunya bayak sapi yang hilang, sebab banyak pencuri dan perampoknya. Maka dari itu masyarakat desa Pilang karena menginginkan keamanan, kenyamanan, dan ketentraman banyak pendudukanya yang pindah ke sebelah barat desa pilang.

Melihat keadaan tersebut lama-kelamaan para pencuri dan perampok di desa Pilang ini bertobat dan berjanji tidak akan berbuat jahat yang meresahkan dan merugikan masyarakat. Sejak itu penduduk desa Pilang merasa aman, tentram dan dapat menjaga (Mengku) desanya dengan baik hingga menuju kejayaan (Jayan). Seluruh warga desa sepakat mengganti nama desa Pilang menjadi Mengkujayan hingga saat ini.